V městském parku je několik cenných dominant, např. javor stříbrný (Acer saccharinum) s obvodem cca 5 m, skupina dospělých dubů letních (Quercus robur) a zimních (Quercus petrea) a 3 vrby bílé (Salix alba), které se nachází proti městské hale Roháč. Jedna z těchto vrb patří se svým obvodem kmene 630 cm k nejmohutnějším stromům v Třeboni. V lokalitě na Parkánech se nachází pěkné exempláře magnolií (Magnolia sp.). Dominantou je zde mohutný dub letní (Quercus robur) v bezprostřední blízkosti Bertiných lázní, který je osídlen tesaříkem obrovským (Cerambyx cerdo).
Pozoruhodný je také tis obecný (Taxus baccata) za klubovnami u domu dětí. U země má obvod více než 1 m.
Dub letní (Quercus robur)
English Oak/Stiel-Eiche
Evropské duby letní jsou všestranné stromy, které si po právu zasloužily úctu, kterou jim lidé mnoha kultur prokazovali. Šumění posvátných dubů sdělovalo božská sdělení už ve starověkém Řecku, klaněli se jim Kletové, Germáni i Slované. Křesťanští světci i poustevníci hledali ochranu jejich vykotlaných kmenů.
Dlouhověký dub letní s charakteristicky „uzlovitými“ větvemi dorůstá výšky až 40 metrů. Největší dub letní v ČR, který roste v Náměšti nad Oslavou má obvod kmene 1003 cm. Daří se mu v nížinách a na vápenité půdě, kde vytváří lesy tzv. doubravy, jeho kořenový systém ale velmi dobře prospívá i v zamokřených oblastech, kde může působit jako dobrý zpevňující prvek pro hráze a břehy. Oproti dubu zimnímu má rozložitější korunu a jeho listy mají krátký řapík (jednoduchá pomůcka – list dubu letního má „krátké kalhoty“). Duby poskytovaly odpradávna obživu zvěři ( a v horších letech) i lidem. Žalud je hodnotným zdrojem energie, je však třeba vyloupané jádro louhovat, aby ztratilo trpkou chuť. Pražením lze připravit výbornou náhražku kávy – žaludovku. Dubové dřevo je samo o sobě pojem – tvrdé, pevné, dobře štípatelné, trvanlivé a ve vodě prakticky nesmrtelné. Celý strom obsahuje trvanlivé barvivo hnědého odstínu. Toho nejlépe využívá tzv. duběnkový inkoust, připravovaný smícháním zelené skalice a rozemletých suchých duběnek – kulovitých hálek vytvořených z pletiva dubového listu pro larvičky žlabatky dubové.
Komenského sady
Sady císaře Františka Josefa – tak byl 12. března 1916 na slavnostním sezení městského zastupitelstva pojmenován nový městský park zakládaný v letech 1906 – 1910 za chlapeckou školou, dnešní Základní školou Sokolská, první budovou vystavěnou v těchto místech v letech 1897 – 1898. Široký pás podmáčených luk mezi hradbami města a Budějovickým předměstím, zvaných jednoduše Blata, kterými procházela Světská stoka z výpusti rybníka a stoka obtékající město zámeckým parkem, byl nejprve mohutně navezen, aby k první výstavbě vůbec mohlo dojít.
V letech 1901 – 1904 pak začal být zavážen podmáčený terén mezi chlapeckou školou a Novým dvorem. Navážka byla tak silná, že jí padly za oběť i původní vzrostlé dřeviny v okolí školy – v roce 1908 musel být skácen mohutný topol, poslední z původního stromořadí i lípy při silnici – žádný z těchto stromů se nedokázal vyrovnat s terénními úpravami v jeho blízkosti. Sami žáci nové školy se pak pomocí tzv. stromkových slavností podíleli na prvních výsadbách nového parku. Jako další vznikla na bývalé knížecí chmelnici v dnešní ulici Na Sadech v roce 1906 nová budova gymnázia. Cesta od chlapecké školy ke gymnáziu byla osázena červenými hlohy, v mladé výsadbě byla i zahrada s verandou pro děti z městské opatrovny, tenisové kurty, lavičky a zákoutí zvané „V nebíčku“.
Po vzniku Československa byl původní název sadů nepřijatelný, takže vzhledem k blízkosti obou škol, odsouhlasila městská rada roku 1919 změnu názvu na Komenského sady. Nová rozrůstající se čtvrť za gymnáziem postupně celý prostor sadů obklopila. Původně malý čtvercový rybníček Benýdek s ostrůvkem uprostřed v prostoru dnešní pošty a zemědělského učiliště, připomínaný poprvé roku 1586 a pojmenovaný po tehdejším třeboňském hejtmanovi, zpočátku značně získal na rozloze, protože jeho břehů bylo využito k zavážce sadů. Ještě ve dvacátých letech, kdy přibyla budova okresního úřadu, dnes Základní školy Na Sadech, ležela část rybníku mezi okresním úřadem a gymnáziem a teprve později byl definitivně zavezen.
Po válce zůstaly Komenského sady poněkud stranou zájmu, ale nakonec se v letech 1979 – 1983 dočkaly generální rekonstrukce v rámci projektu obnovy všech městských parkových ploch Zahradní architekturou Želešice u Brna. Z parku zmizely grafiózou napadené jilmy a výsadba byla zpestřena novými druhy dřevin. Vzniklo originální „špalkové“ dětské hřiště i odpočinkový prostor s plastikou „Letící torzo“ od brněnského akademického sochaře Miloše Vlčka.